El Departamento de Fisiología se creó al amparo de la Ley de Reforma Universitaria en 1983, que fijó los criterios para la implantación de los nuevos Departamentos universitarios. Desaparecieron el Departamento Interfacultativo de Fisiología Animal (Farmacia y Ciencias) y el Departamento de Bioquímica y Fisiología (Medicina).
En sesión de Consejo de Departamento de 5 de diciembre de 1985 se acuerda por unanimidad la nueva denominación del Departamento como Departamento de Fisiología y se hace el inventario de bienes, equipos e instalaciones y equipamientos para la docencia y la investigación en la sede del Departamento en la Facultad de Farmacia. En la Facultad de Medicina queda pendiente el inventario de su separación del Departamento de Bioquímica y Fisiología. En la Facultad de Ciencias todos los profesores del Departamento Interfacultativo de Fisiología Animal, excepto uno, se adscriben al nuevo Departamento de Biología Animal.
La constitución del Departamento de Fisiología actual tiene lugar el 28 de mayo de 1986, de acuerdo con los nuevos estatutos de la Universidad de Granada (art. 9 al 18) y dentro del marco legal establecido por la mencionada Ley Orgánica de la Reforma Universitaria.
En esa constitución formal, el Departamento se configura con una única área de conocimiento de las establecidas en el catálogo del Real Decreto 1888/84 de 26 de septiembre, (BOE del 26-10-1984), el área de Fisiología.
En el momento de su creación, la asistencia al Consejo de Constitución del Departamento (26 de mayo de 1986) refleja una plantilla de 22 profesores a tiempo completo, que se distribuía de la siguiente forma: 2 Catedráticos de Universidad, 12 Profesores Titulares de Universidad, 8 profesores no numerarios, 2 miembros del Personal de Administración y Servicios y becarios de Formación de Personal Investigador del Ministerio de Educación y Ciencia y/o de la Junta de Andalucía. En este Consejo de Departamento se crearon la Junta de Dirección (28 de mayo de 1986) y posteriormente (13 de junio de 1986) se nombró una Comisión para la elaboración del Reglamento de Régimen Interno, que quedó aprobado en Consejo de Departamento de 6 de noviembre de 1986.
Las Comisiones de Ordenación Académica, Económica, de Investigación, y de Relaciones Institucionales se nombraron en Consejo de Departamento de 27 de marzo de 1987.
El Departamento recién formado tenía asignada docencia en la Licenciatura de Farmacia (asignatura de Fisiología Animal), en las Licenciaturas de Medicina (asignatura de Fisiología Humana), Licenciatura de Ciencias Biológicas (Fisiología Animal), Escuela de Perfeccionamiento en Análisis Clínicos (asignatura Fisiología y elementos de Fisiopatología), Escuela de Nutrición ( la mayoría de las asignaturas de la Diplomatura en Nutrición).
El principal hecho que marca la evolución del Departamento, es la unificación de las enseñanzas de Fisiología de las Facultades de Farmacia y Medicina de la Universidad de Granada con un enfoque hacia la salud humana, manteniendo la enseñanza de Fisiología Animal con un enfoque hacia la fisiología comparada en la Facultad de Ciencias, compartiendo esta docencia con el Departamento de Biología Animal. El Departamento de Fisiología en el momento de su constitución tenía sede en la Facultad de Farmacia (C/Rector López Argüeta s/n, entonces, actualmente en Campus de Cartuja) en la Facultad de Medicina (Avda. de Madrid, 79) y solicitó al rectorado una sede en la Facultad de Ciencias.
Por acuerdo del Consejo de Gobierno de la Universidad de Granada de 19 de mayo de 2008, actualmente el Departamento está dividido en dos Secciones Departamentales: Sección Departamental I (profesores que imparten enseñanzas en la Facultad de Farmacia- Licenciaturas de Farmacia y Tecnología de los Alimentos y Diplomatura de Nutrición y Dietética-, Facultad de Ciencias Biológicas; y Sección Departamental II (profesores que imparten enseñanzas en las Licenciaturas de Medicina y Odontología y en las Diplomaturas de Fisioterapia y Trabajo Ocupacional). La docencia de las asignaturas de la Licenciatura en Ciencias de la Actividad Física y el Deporte y de la Diplomatura de Logopedia, está compartida entre las dos Secciones Departamentales.
Además, el Departamento de Fisiología cuenta con sedes en los campus de Ceuta y Melilla, donde imparte docencia de Fisiología en los grados de Enfermería, Fisioterapia y Educación Primaria y Ciencias de la Actividad Física. Asimismo, el Departamento de Fisiología desarrolla, a través de sus grupos de investigación, una amplia y variada actividad científica, destacando muchos de sus integrantes como investigadores altamente reconocidos nacional e internacionalmente en diversas ramas dentro del área de Fisiología. En ese contexto, integrantes del Departamento de Fisiología son Profesores en el Programa de Doctorado en Biomedicina, el Programa de Doctorado en Nutrición y Ciencias de los Alimentos, así como en varios programas de máster.